Gentiane alpina est une espèce naine, au maximum 7cm, subacaule, le plus souvent à tige atrophiée voire presque absente, à 1 paire de feuilles.
Les feuilles basales sont petites et à peine plus longues que larges, en rosettes à bout recourbé, formant souvent tapis car stolonifère.
Ne pas confondre avec Gentiana acaulis à feuilles longues et larges, Gentiana angustifolia avec des longues feuilles étroites et Gentiana clusii à gorge non tachée de vert.
La Gentiane des Alpes est peu commune et ne se rencontre que dans les pelouses d'altitude des Alpes et des Pyrénées, sur des terrains siliceux entre 1800 et 2600m.